Øen blev opdaget i 1739 af en fransk flådeofficer, som øen blev opkaldt efter. Ingen gjorde krav på øen indtil 1825 hvor det britiske flag blev hejst. I 1928 afstod Det Forenede Kongerige sit krav på øen til fordel for Norge, der året i forvejen havde indtaget øen. I 1971 blev Bouvetøen og det omliggende farvand udnævnt til naturreservat. Siden 1977 har Norge haft en automatiseret meterologisk målestation på øen.
