Nachdem Clemens über den Weg des Platonismus/Mittelplatonismus schließlich zum Christentum fand, reiste er aus dem heimatlichen Athen zu christlichen Lehrern unter anderem in Griechenland, Unteritalien und Ägypten. Um 175 wurde er Lehrer der Katechetenschule von Alexandria, um 200 ihr Leiter (Nachfolger des Pantänus). Er blieb während des Großteils seines restlichen Lebens in Alexandria. Clemens bemühte sich, Christentum und griechische Philosophie in Übereinstimmung miteinander zu bringen. Aus seinen Werken erfahren wir vieles über den Gnostizismus, eine Religion, die damals in Konkurrenz zum jungen Christentum stand. Sein Schüler Origenes wurde Nachfolger der Katechetenschule.
Clemens genoss während der gesamten Spätantike und danach noch im Osten großes Ansehen; seine Werke wurden jedoch im Mittelalterische nicht ins Latein übersetzt. 1748 ließ Benedikt XIV ihn aus dem römischen Heiligenkalender streichen, da sein Leben zu wenig bekannt, eine öffentliche Verehrung nicht vorhanden und seine Lehre zweifelhaft sei. Seine Zurechnung zu den Kirchenvätern ist daher auch umstritten.
Clemens wird ein Brief an einen gewissen Theodoros zugeschrieben, in dem er diesem Texte von einem geheimen Markus-Evangelium zukommen ließ.
