Säätiö perustettiin liikemies Alfred Kordelinin (1868–1917) testamenttinystlahjoituksen turvin. Kordelin oli kulttuuriävä ja Suomen tunnetuimpia mesenaatteja. Hän kuoli, kun venäläinen matruusi ampui hänet Suomen itsenäisyyttä edeltäneessä kuohuntavaiheessa niin sanotussa Mommilan kahakassa.
Kordelin ei ehtinyt laatia rahastolleen ohjesääntöä. Kuolinpesän selvittäjät antoivat tämän tehtävän Suomalaisen Tiedeakatemian asiantuntijoille, joiden laatima ohjesääntö vahvistettiin 31. joulukuuta 1918. Vuosina 1920–1939 säätiö jakoi vuosittain noin 90 apurahaa. Talvisodan jälkeen 1940 säätiölle määrätty omaisuuden luovutusvero ja etenkin voimakas inflaatio heikensivät säätiön taloutta, minkä vuoksi jaettavien apurahojen yhteismäärä jäi melko vaatimattomaksi 1970-luvun lopulle saakka. Säätiön taloudellinen asema on kohentunut tuntuvasti 1980-luvulta lähtien.
Alfred Kordelinin säätiöllä on kaikkiaan 14 erillisrahastoa, joista 8 on eri puolilla Suomea toimivia kaupunkirahastoja. Ne ovat Huittisten rahasto, Hyvinkäänn rahasto, Jyväskylä rahasto, Lappeenrannan rahasto, Raahenn 350-vuotisjuhlarahasto, Rauma rahasto, Savonlinnan rahasto ja Seinäjoeninin rahasto. Muut erillisrahastot ovat Gust. Kompan rahasto, Kain Tapper rahasto, Tieteellisten seurain valtuuskunnan 100-vuotisrahasto, Urheilun Tuki -rahasto, Toivo Vuorelan ja Mauno Turusen muistorahasto sekä Viron rahasto.
Stipdendien ja apurahojen lisäksi säätiö jakaa palkintoja henkilöille, jotka ovat työllään edistäneet tehokkaasti suomalaista kulttuuria tieteen, taiteen, kirjallisuuden tai kansanvalistuksen alalla. Tunnustuspalkinto voidaan antaa joko elämäntyöstä tai poikkeuksellisen mittavasta saavutuksesta tai suorituksesta. Lisäksi säätiö jakaa kannustuspalkintoja.
