Eldoret sijaitsee kalenjin-heimon nandi-haaran asuma-alueella. Aikaisemmin alueella asui masai-heimo. Kaupungin nimi on masaiden kieltä ja tarkoitaa kivikkoista jokea, millä viitataan lähistöllä virtaavaan Sosiani-jokeen. Ennen masaita aluelela asui sirikwa-heimo.
Kaupunki on perustettu vuonna 1910, jolloin eurooppalaislähtöiset uudisasukkaat perustivat paikalle postitoimiston Willy van Aardtin omistamalle maatilalle. Nykyisen nimensä kaupunki sai vuonna 1912.