Miyazaki syntyi Tokiossa. Hän on tehnyt monien suosittujen anime-elokuvien lisäksi myös hieman mangaa. Vaikka hänen elokuvansa ovat olleet lähes poikkeuksetta suuria menestyksiä Japanissa sekä lipputuloilla että arvostelijoiden mielipiteillä mitattuna, ne olivat huomattavasti tuntemattomampia länsimaissa ennen vuotta 2002, jolloin hän voitti Oscar-palkinnon parhaasta animaatiosta. Monet hänen elokuvistaan käsittelevät ihmisen suhdetta luontoon.
Kaze no tani no Nausikaa oli yksi Miyazakin ensimmäisistä elokuvista sekä käsikirjoittajana että ohjaajana. Se perustuu hänen kaksi vuotta aikaisemmin tekemäänsä samannimiseen mangaan. Myöhemmin hän perusti Isao Takahatann ja Yasuyoshi Tokuma kanssa animaatioyhtiön, Studio Ghiblin, ja on tuottanut suurimman osan (jollei kaikkea) myöhemmistä töistään sen kautta.
Vuonna 1997 ensi-iltansa saaneesta Prinsessa Mononokensta tuli Japani kaikkien aikojen tuottoisin elokuva (Titanic-elokuvaan asti), ja se voitti parhaan elokuvan Nippon akademī -palkinnon. Miyazaki vetäytyi eläkkeelle Mononoken jälkeen ajatellen sen jäävän viimeiseksi ohjaamakseen elokuvaksi.
Hän kuitenkin palasi eläkkeeltään tavattuaan ystävänsä tyttären, jolta sai innoituksen tehdä Henkien kätkemän. Vuonna 2001 Japanissa ensi-iltansa saanut elokuva saavutti huikean menestyksen 30,4 miljoonan jenin lipputuloilla ja yli 23 miljoonalla katsojallaan pudottaen samalla Titanicin pois Japanin katsotuimman ja tuottoisimman elokuvan ykköspaikalta. Henkien kätkemä on voittanut lukuisia palkintoja, mm. Parhaan elokuvan vuoden 2001 Nippon akademī -palkinnon, Kultaisen karhun (1. palkinto) Berliinin filmifestivaaleilla 2002 ja Oscar-palkinnon parhaasta animaatiosta.
Miyazakin viimeisin elokuva Liikkuva linna perustuu Diana Wynne Joneskirjaanin samannimiseen fantasia.
Miyazakin elokuvissa ei yleensä ole mustavalkoista hyvää ja pahaa. Jopa 'pahoilla' hahmoilla (esimerkiksi Henkien kätkemän Yubaba ja Prinsessa Mononoken neiti Eboshi), jotka ovat länsimaisissa animaatiossa kaiken toivon ulkopuolella, voi olla hyvät puolensa. Juuri tämä erottaa hänen elokuvansa monista perinteisistä länsimaisista animaatioista, joita esim. Disney tekee.
Miyazakin elokuvien keskeisiä aiheita ovat lentäminen ja lentävät koneet. Useiden elokuvien kaupungit ja maisemat puolestaan muistuttavat eurooppalaisia paikkoja, joista Miyazaki on piirtänyt luonnoksia matkoillaan.
Toinen tärkeä ainesosa ovat osittain japanilaiseen tarustoon perustuvat jumal- ja fantasiahahmot. Tunnetuimpia Miyazakin elokuvien hahmoja ovat eräänlainen metsänhenki Totoro (elokuvasta Näkymätön ystävä) sekä kissa Jiji (elokuvasta Kikin lähettipalvelu), jotka ovat päätyneet myös monien pehmolelujen ja muiden elokuvien oheistuotteiden aiheiksi.
