Yliopistolla on kampukset Joensuussa ja Savonlinnassa. Lisäksi Ilomantsin Mekrijärvellä on tutkimusasema.
Opiskelijoita on yli 7 700, joista 1 160 Savonlinnassa. Henkilökuntaa on noin 1200, joista 160 toimii Savonlinnassa. Joensuun yliopiston rehtorina toimii professori Perttu Vartiainen ja vararehtorina professori Teuvo Pohjolainen.
Elokuun alussa 2006 yliopistossa toteutettiin hallintorakenneuudistus, mikä muutti jonkin verran tiedekuntarakennetta ja laitosten sijainteja.
