Thunders, newyorkilainen puertoricolaisten vanhempien poika, aloitti rockuransa kouluikäisenä Johnny and the Jaywalkers -nimisessä yhtyeessä, jolloin hän kutsui itseään vielä nimellä Johnny Volume. Sitä seurasi kokoonpano nimeltä Actress, jossa vaikuttivat tulevat New York Dolls -kumppanit Arthur 'Killer' Kane ja Billy Murcia. The New York Dolls julkaisi kaksi merkittävää albumia 70-luvulla.
New York Dollsin hajoamisen jälkeen Thunders perusti The Heartbreakers -yhtyeen. The Heartbreakers julkaisi L.A.M.F (like a motherfucker) albumin ja keikkaili The Sex Pistols yhtyeen kanssa englannissa. Myöhemmin hän esiintyi myös on sooloartistina vaihtelevilla taustakokoonpanoilla asuessaan mm. Pariisissa ja Tukholmassa. Matkan varrella hänen bändissään soittivat esim.Thin Lizzy yhtyeen johtohahmo Phil Lynnott, Punklegenda Richard Hell, Small Faces yhtyeen Steve Marriot, The Pretenders yhtyeen Chrissie Hynde, Sex Pistolsin Steve Jones ja Paul Cook, sekä suomalaiset Sam Yaffa ja samassa Hanoi Rocks -yhtyeessä ja sen lyhytikäisessä seuraajassa Cherry Bombzissa soittanut Timo Kaltio, tosin eivät samanaikaisesti.
Myös MC5-kitaristi Wayne Kramerin Gang War -yhtyeen riveissä hänet nähtiin. Viimeiseksi levytykseksi jäi vierailu saksalaisen Die Toten Hosen -yhtyeen levyllä. Saksalaispunkkareiden kertoman mukaan Thunders oli niin huonossa kunnossa, että sai omalle legendaariselle Born to Lose -kappaleelleen aikaiseksi vain muutaman ääneen, 'sen verran että hänen nimensä kehtasi juuri ja juuri painaa levyn kanteen'. Pian tämän jälkeen hän kuoli metadonin yliannostukseen hotellihuoneessa New Orleansissa.
Johnny Thunders saavutti jo eläessään vankan kulttimaineen, jonka vanki hän ehkä tahtomattaakin oli. Häntä pidettiin ja pidetään eräänlaisena rock n' rollin ruumiillistumana. Hän kärsi päihdeongelmista. Hänen tekemisiään ja sanomisiaan on romantisoitu, mutta hän oli sekä musiikillisesti että ulkomusiikillisesti merkittävä hahmo. Hän on jättänyt merkittävän perinnön nykypäivän musiikkimaailmaan. Hänen soittotapansa ja pukeutumisensa vaikuttavat nykypäivänkin punk ja glam rockiin.