Leikin alku
Ensin valitaan, kuka leikkijöistä on etsijä. Etsijä voidaan valita erillisellä arvonnalla tai sitten joku voi suostua vapaaehtoiseksi. Muut leikkijät ovat piiloutujia. Leikkiin tarvitaan jokin ”huutopaikka”, joka toimii leikin keskipisteenä. Tällaiseksi paikaksi käy esimerkiksi jokin seinä, talonovi tai liukumäki.
Ennen varsinaisen leikin alkua etsijä voidaan 'pestä'. Tässä tapauksessa hän pitää kasvonsa huutopaikkana toimivaa seinää tms. vasten ja yksi muista leikkijöistä pesee hänen selkänsä lausuen ”Vasta pesty puhdas selkä, rexonalla raikastettu, ympyrä, ja risti, kuka siihen viimeisenä likaisella sormellansa pisti?” (lorusta on olemassa lukuisia variantteja - jotkut alatyylisiä). Joku pistää selkään sormellaan, jonka jälkeen etsijä yrittää arvata millä sormella piiloutuja tökkäisi. Jos hän arvaa esimerkiksi kahdeksannella kerralla oikein, hänen pitää laskea kahdeksaankymmeneen. Peseminen ei välttämättä kuulu leikkiin - usein vain sovitaan moneenko etsijä joutuu laskemaan.
Kun leikki alkaa, etsijä odottaa hetken, että piiloutujat menevät piiloon. Hänen on laskiessaan pidettävä päänsä huutopaikkana toimivaa seinää tms. vasten ja peitettävä silmänsä käsillään. Piiloutujat voivat piiloutua mihin tahansa - kauas tai lähelle. Joskus piiloutuja voi taktisesti valita huutopaikkaa yllättävän lähelläkin olevan piilon.
Rottien kiinniottaminen ja itsensä turvaaminen
Kun etsijä lähtee etsimään piiloutujia, piiloutujat voivat edelleen liikkua vapaasti. Heidän ei tarvitse odottaa piiloissaan, että etsijä löytäisi heidät. Mahdollista on myös härnätä etsijää erilaisilla huudoilla, joskaan tämä ei kuulu Kirkonrotta -leikin luonteeseen useimmissa tapauksissa.
Kun etsijä saa varman näköhavainnon jostain piiloutujasta, hänen täytyy koskettaa kämmenellään huutopaikkaan ja huutaa 'Mikko-rotta nähty!' (jos nähdyn piiloutujan nimi on Mikko) tai vaikkapa 'Mikko- ja Laura-rotta nähty', mikäli etsijä näki sekä Mikon että Lauran. Se piiloutuja, jonka etsijä on nähnyt ensimmäisenä, on seuraavalla kierroksella uusi etsijä.
Sen jälkeen kun etsijä on nähnyt Mikon tai Lauran, he voivat myös yrittää pelastaa itsensä juoksemalla huutopaikalle ennen kuin etsijä ehtii sinne. Tällöin heidän pitää koskettaa kädellään huutopaikkaan ja huutaa 'Omat!' (tai 'Oma rotta!'). Jos piiloutuja onnistuu tekemään tämän ennen kuin etsijä tavoittaa huutopaikan, hän on turvassa. Piiloutujan ja etsijän välille voi muodostua tiukka juoksukilpailu huutopaikalle. Usein etsijä kuitenkin näkee piiloutujan niin kaukaa, ettei piiloutujan kannata edes yrittää juosta. Sekä 'vangiksi' jääneet rotat, että itsensä pelastaneet leikkijät jäävät maleksimaan huutopaikalle.
Piiloutujat voivat turvata itsensä riippumatta siitä, onko etsijä vielä nähnyt heitä. Jos piiloutuja näkee tai aavistaa, että etsijä on etääntynyt kauaksi huutopaikasta, hän voi käydä turvaamassa itsensä edellä kuvatulla tavalla. Riskienotto on mahdollista, ja kynnys siihen on pieni, mikäli joku toinen on jo joutunut vangiksi, jolloin piiloutujan ei tarvitse pelätä joutuvansa uudeksi etsijäksi.
Pelastaminen
'Vangiksi' joutuneet rotat voidaan kuitenkin myös pelastaa. Kun joku piiloutuja saavuttaa huutopaikan jäämättä ensin itse vangiksi, hän voi pelastaa siellä mahdollisesti olevat vangitut rotat. Tällöin hänen pitää huutaa huutopaikkaa koskettaessaan 'Kaikki pelastettu!' (tai 'oma rotta pelastettu', 'kaikki rotat pelastettu') . Jos joku piiloutuja onnistuu tässä, kaikki häntä aiemmin jääneet ovat pelastuneita, mutta eivät lähteä enää piiloon. Ne rotat, jotka ovat turvanneet itsensä huutamalla 'Omat!' jäävät edelleen huutopaikalle, eikä heidän tarvitse piiloutua enää uudestaan. Huutopaikalle ehtivä piiloutuja voi turvata itsensä huutamalla 'Omat!' siitä huolimatta, vaikka paikalla olisi myös vangittuja rottia. Sosiaalinen paine yleensä aiheuttaa kuitenkin sen, että vangitut pelastetaan. Huutopaikalla oleskelevat vangitut yleensä huutelevat avuttomina 'Pelastakaa!' huutoja.
Kierroksen päättyminen
Kierros päättyy, kun kukaan piiloutuja ei ole enää karkutiellä. Mikäli kaikki piiloutujat ovat turvanneet itsensä huutamalla huutopaikalla 'Omat nimet!', joutuu etsijä olemaan etsijänä myös seuraavalla kierroksella. Mikäli taas yksi tai useampi rotista on joutunut vangiksi, tulee ensimmäisenä nähdystä rotasta etsijä seuraavalle kierrokselle.Leikin kierrokset jatkuvat näin loputtomiin, kunnes leikkijät lopettavat leikin.
Variaatioita kirkonrotasta
Erilaiset kirkonrotassa käytetyt huudot ja muut termit vaihtelevat varmasti paljon. Yllä olevat säännöt ja sanat ovat peräisin Espoon Kilosta 1980- ja 1990-lukujen vaihteesta.
On olemassa myös joukko kirkonrotalle hyvin läheistä sukua olevia leikkejä.
Purkkiksessa, purkissa tai pönttiksessä joku piiloutujista potkaisee purkin, joka etsijän on haettava. Tällä välin piiloutujat juoksevat piiloihin. Kun purkki on asetettu takaisin siihen, mistä se potkaistiin, piiloutujien etsintä alkaa. Purkki toimii jatkossa huutopaikkana, ja etsijä huutaa esimerkiksi 'Mikko purkissa' nähtyään Mikon. Muuten säännöt ovat kuin Kirkkiksessä. Tunnetaan myös nimellä pönttö tai prönttö. Purkin tilalla voi olla myös pallo. Itä-Suomessa tätä leikkiä kutsutaan lekkeriksi.
Kymmenen tikkua laudalla on variaatio, jossa huutopaikkana toimivalle laudalle (tai jollekin lautaa muistuttavalle levylle) laitetaan kymmenen tikkua (yleensä tikut ovat pieniä puukeppejä). Joku piiloutujista kumoaa laudan siten, että tikut lentävät ympäriinsä. Sen jälkeen piiloutujat juoksevat piiloihinsa. Etsijä kokoaa tikut taas laudalle, jonka jälkeen hän voi alkaa etsiä piiloutujia.
Omanimikirja on variaatio, joka on muuten samanlainen kuin kirkkis, paitsi että huudot ovat erilaiset.
