Kommagene mainitaan jo assyrialaisissa teksteissä Assyrian liittolaisena. Vuonna 708 eaa. Sargon II liitti Kommagen Assyriaan. Hellenistisellä ajalla Kommagene riistäytyi Seleukidien hallinnasta vuonna 162 eaa Kommagenen hellenistisistä hallitsijoista tärkein oli Antiokhos I Theos, joka hallitsi 69 eaa–40 eaa Antiokhos I avusti Pompeiusta tämän sotiessa parthialaisia vastaan. Augustuksen aikana Kommagenestä tuli Rooman vasalli. Vuonna 17 Tiberius syrjäytti Antiokhos III:n, mutta Caligula asetti valtaistuimelle Antiokhos IV:n, joka hallitsi vuoteen 72. Vespasianus syrjäytti hallitsijasuvun viimeisen jäsenen.
Kommagenen satraapit
- Samos I, 290 eaa. – 260 eaa.
- Arsames, 260 eaa. – 228 eaa.
- Kserkses, 228 eaa. – 201 eaa.
- Ptolemaios, 201 eaa. – 163 eaa.
Kommagenen kuninkaat
- Ptolemaios 163 eaa – 130 eaa.
- Samos II Theosebes Dikaios, noin 130 eaa. – 109 eaa.
- Mithradates I Kallinikos, 109 eaa. – 69 eaa.
- Antiokhos I Theos Dikaios Epifanes Filorhomaios Filhellen, 69 eaa. – noin 36 eaa.
- Mithradates II, noin 36 eaa. – 20 eaa.
- Antiokhos II, kuoli 29 eaa.
- Mithradates III, 20 eaa. – 12 eaa.
- Antiokhos III, 12 eaa. – 17 jaa.
- Rooman vallan alla, 17 – 38
- Antiokhos IV Epifanes, 38 – 72
- Rooman provinssi, 74 –