Lencqvist valmistui ylioppilaaksi vuonna 1776 ja hänet vihittiin papiksi vuonna 1782in. Hän julkaisi vuonna 1782 väitöskirjan De superstitione veterum Fennorum theoretica et practica (Vanhojen suomalaisten tietoperäisestä ja käytännöllisestä taikauskosta). Väitöskirja perustui hänen isänsä Erik Lencqvist tutkimuksiin.
