Lajinmäärityksessä ihminen, tutkija tai luonnonharrastaja, pyrkii havaitsemaan eliöyksilön
taksonomiset tuntomerkit, jotta kyseessä olevan yksilön
laji voidaan selvittää. Useimmiten tämä tapahtuu eliöyksilön ulkoisia tuntomerkkejä eli
fenotyyppiä tarkastelemalla. Lajin tunnistamisessa eli lajinmäärityksessä oleellinen osa-alue on määritettävän eliöyksilön perinnölliset eli perityt rakennepiirteet, kuten lehtien kasvutapa ja muoto, varpaiden määrä tai siipisuonien sijainti (hyönteisillä). Nykyään on pyritty kehittämään myös genotyyppiin perustuvia lajinmäärityksen keinoja. Lähisukuisten eliöiden samanlaiset geenit vaikeuttavat kuitenkin lajin geneettistä määrittämistä. Lähisukuiset lajit ovat toki vaikeita tunnistaa myös fenotyyppiin perustuvassa lajinmäärityksessä.
Taksonomiset lajituntomerkit eivät siten aina ole helposti havaittavissa, joten usein lajinmäärityksessä käytetään apuna tois'sijaisia lajituntomerkkejä kuten karvoituksen tai höyhenten määrää, väriä ja värin jakautumista, tai käyttäytymispiirteitä kuten eliöyksilön ääntelyä tai liikkumistapaa. Lajinmääritys on sitä varmempi, mitä useampia taksonomisia lajituntomerkkejä yksilössä havaitaan. Taksonomisten lajituntomerkkien avulla pystytään epäselvät lajinmääritykset useimmiten varmistamaan, jos asia koetaan tarpeelliseksi. Harrastajien muistiinpanoissa epävarma lajinmääritys voidaan kirjata esimerkiksi suvun tai jopa heimon tarkkuudella, tieteellisissä artikkeleissa tämän kaltainen epätarkkuus on epäsuotavaa.
