Kaupunki tunnetaan lähinnä vuoden 490 eaa Marathonin taistelunsta, jossa Ateena armeija kukisti persialaiset. Tarinan mukaan taistelun jälkeen sotilas nimeltä Feidippides (Φειδιππίδης) juoksi Ateenaan kertomaan voitosta, jossa huudahti νενίκαμεν (nenikamen, olemme voittaneet) ja heitti henkensä. Matka Marathonista Ateenaan olisi ollut noin 40 kilometriä. Tästä juontuu nykyinen urheilulaji maratonjuoksu.
Vuosina 1925–1930 Marathonin yläpuoliseen laaksoon rakennettiin Ateenan vedensaannin turvaamiseksi pato, joka loi taakseen 10 km² Marathonjärven. Skhiniasin rannalla järjestettiin vuoden 2004 olympialaisten purjehdustapahtuma ja Marathonista lähtivät sekä miesten että naisten maratonjuoksut.