Michael Haydn keskittyi lähinnä kirkkomusiikin säveltämiseen, mutta hän sävelsi myös useita sinfonioitajaja, konsertto sekä kamarimusiikkia. Haydnin Requiem pro defuncto Archiepiscopo Sigismundo vaikutti suuresti Mozartin Requiemiin. Hänen 26. sinfoniaansa luultiin pitkään Mozartin 37. sinfoniaksi. Sekaannus aiheutui käsikirjoituksesta, jossa alku oli Mozartin käsialaa. Mozart oli säveltänyt sinfoniaan tuntemattomasta syystä uuden hitaan johdannon, mutta loput teoksesta ovat Michael Haydnin.