Jovovich meni naimisiin Shawn Andrewsin kanssa 1992 elokuvan Surutta? Sekaisin kuvausten aikana, mutta Jovovichin äiti sai mitätöityä liiton kuukautta myöhemmin, koska Milla oli vasta 16-vuotias. 14. joulukuuta 1997 hän avioitui ohjaaja Luc Bessonin (The Fifth Element – puuttuva tekijä) kanssa, mutta he erosivat vuonna 1999. Nykyään Jovovich on kihloissa ohjaaja-käsikirjoittaja Paul W. S. Andersonin kanssa, jonka kanssa hänellä on 3. marraskuuta 2007 syntynyt tytär Ever Gabo. http://www.foxnews.com/story/0,2933,308156,00.html
Milla Jovovich Has Baby Girl, Names Her 'Ever', 5. marraskuuta 2007, FOXNews.com, luettu 6. marraskuuta 2007
Vuonna 2005 Milla Jovovich ja näyttelijä Carmen Hawk lanseerasivat Jovovich-Hawk -vaatemalliston.