Olivier Roy arvioi sodan neljäntenä vuonna olleen vähintään 4000 leiriä, josta mujahideen-joukot toimivat. Suurin osa näistä toimi seitsemän maanpaossa Pakistanissa olleen puolueen alaisuudessa. Merkittävillä komentajilla oli komennossaan 300 tai suurempi joukko miehiä ja useita leirejä. Joukkoja yritettiin järjestää eri komentajien alle, jolloin komentaja Ahmed Shah Massoudn sai komentoonsa kerrallaan 10000 miestä sodan loppuvaiheessa Panjshirin laakso alueella Kabulin pohjoispuolella.
Joissain muissakin tilanteissa yhtenäisten joukkojen miesluku saattoi kasvaa kymmeneen tuhanteen satokauden jälkeen. Näin tapahtui mm. Neuvostoliiton laajojen hyökkäysten aikana itäisissä maakunnissa ja Khostin kaupungin piirityksen aikana.
Mujahideenit 'voittivat' sodan 1989 neuvostojoukkojen perääntyessä, ja Mohammad Najibullahin hallituksen kaatuessa 1992. Yhtenäistä hallintoa ei kyetty järjestämään ennen kuin Taliban valloitti maan 1996.
Mujahideen-nimellä on nimitetty myös Irakin sissijoukkoja, jotka taistelevat Yhdysvaltain miehitystä ja sen asettamaa hallitusta vastaan. Mujahideen-joukkoihin on liittynyt taistelijoita sekä Irakin sunnimuslimeista- ja šiia. Termiä käytettiin erityisesti taistelijoista, jotka taistelivat Fallujahin piirityksen yhteydessä Yhdysvaltain merijalkaväkeä vastaan huhtikuussa 2004lain. Yhdysvaltain perääntymisen jälkeen Mujahideen partioivat kaupunkia ja valvoivat šaria täytäntöönpanoa.