Monista kaupallisista tietokantajärjestelmistä poiketen MySQL:n hallinnointi tapahtuu komentoriviltä tai tekstipohjaisella asiakasohjelmalla. Sille on tosin valmistajan sivulta saatavat graafiset MySQL Administrator ja MySQL Query Browser, sekä suosittu vaihtoehtoinen phpMyAdmin.
Aikaisempina vuosina MySQL:ää on vierastettu varsinkin ammattilaispiireissä sen vajavaisuuksien, kuten esimerkiksi transaktioiden sekä aitojen vierasavaimien puutteen takia, mutta nykyään MySQL on kirinnyt eroa kiinni ja vajavaisuudet ovat vähentyneet.