Naturalismin (natura = luonto) mukaan luonto on kaiken käsittävä eikä ole olemassa mitään yliluonnollista. Usein puhutaan pelkästään naturalismista, joskus filosofisesta naturalismista, naturalistisesta ontologiasta, ontologisesta naturalismista tai metafyysisestä naturalismista. Naturalismin eräänä suomennoksena on käytetty luontoon perustuvaa todellisuuskäsitystähttp://www.dlc.fi/~etkirja/et11.htm#_Toc136682078
Kaikki eivät pidä erottelua metodologiseen ja ontologiseen naturalismiin onnistuneena. Filosofi Sami Pihlström on todennut, että naturalismi näyttäisi edellyttävän paitsi luottamusta tieteen menetelmiin, myös jonkinlaista näkemystä todellisuuden luonteesta, siitä, että maailma on todella luonnollinen ja sellaisena tieteen menetelmin tutkittavissa. Sami Pihlström: ”Oiva Ketosen pragmatismi- ja naturalismivaikutteista”. Ajatus 59 Esimerkiksi teokseen Naturalism: A Critical Analysis (2000) monet naturalismin arvostelijat esittävät, ettei naturalismia voida tulkita puhtaasti menetelmälliseksi kannaksi vaan se on omaleimainen filosofinen näkemys vain jyrkässä ontologisessa (palauttavassa tai karsivassa) muodossaan, jossa kaikki yliluonnolliset tai muut luonnontieteen maailmankuvaan sopimattomat oliot poistetaan järkiperäisen ajattelijan todellisuuskäsityksestä. Sami Pihlström: ”Oiva Ketosen pragmatismi- ja naturalismivaikutteista”. Ajatus 59, s. 42. .