Panathinaikosin perusti Georgios Kalafatis vuonna 1908, kun hän yhdessä 40 muun urheilijan kanssa erosi Panellinios Gymnastikos Syllogos -seurasta, koska seura ei suostunut perustamaan jalkapallojoukkuetta. Alun perin ainoa laji olikin jalkapallo, kunnes 1919 perustettiin jaostot lento- ja koripallolle sekä yleisurheilulle, ja vuosi vuodelta mukaan on tullut uusia lajeja. Eri lajeissa seura on voittanut kaikkiaan 487 mestaruutta.
Lajijaostoja
- Panathinaikos FC, jalkapallo