Potsdamin merkitys lähti nousuun 1600-luvun loppupuolella, kun Preussin kuningasperhe alkoi rakennuttaa linnoja kaupunkiin. Erityisesti tunnettu on Fredrik II Suuren rakennuttama Sanssouci.
Toisessa maailmansodassa kaupunki vaurioitui pahoin liittoutuneiden ilmahyökkäyksissä ja siellä pidettiin sodan Euroopassa loputtua 17. heinäkuuta–2. elokuuta 1945 Potsdamin konferenssi, jossa määriteltiin Saksan sodan jälkeiset rajat.
Jyväskylä on Potsdamin ystävyyskaupunki.