Vaikka Pyhä istuin on läheisessä yhteydessä Vatikaanivaltioon – Pyhän istuimen hallitsemaan itsenäiseen, riippumattomaan valtioon – nämä kaksi kokonaisuutta ovat itse asiassa erillisiä. Pyhä istuin hallinnoi Vatikaania, mukaan lukien kaikki diplomaattiset tehtävät; ulkomaalaiset suurlähetystöt akkreditoi Pyhä istuin eikä Vatikaanivaltio, ja Pyhä istuin solmii konkordaatit riippumattomien valtioiden kanssa itsensä ja Vatikaanivaltion puolesta. Pyhällä istuimella on pysyvän tarkkailijajäsenen asema Yhdistyneissä kansakunnissa.