RSHA:n ensimmäiseksi päälliköksi nimettiin Reinhard Heydrich, joka hoiti tehtävää aina vuonna 1942ansa tapahtuneeseen salamurha asti. Sen jälkeen RSHA:ta johti Ernst Kaltenbrunner aina sodan päättymiseen asti.
Organisaatio
Einsatzgruppen oli suoraan RSHA:n alaisuudessa, muuten RSHA jaettiin seitsemään osastoon (Amten):
- Amt I Personal (johtaja: Standartenführer Bruno Streckenbach)
- Amt II Organisation, Verwaltung, Recht (johtaja: SS-eversti Dr. Nockemann)
- Amt III SD Inland (johtaja: SS-kenraali Otto Ohlendorf, osaston tehtävänä oli ulkosaksalaisten asiat)
- Amt IV Gestapo (johtaja: SS-Gruppenführer Heinrich Müller, alajaosto IV B 4:n johdossa oli Adolf Eichmann)
- Amt V Kripo (johtaja: SS-Gruppenführer Artur Nebe, osasto oli Rikospoliisi, joka käsitteli ei-poliittisia rikoksia)
- Amt VI SD Ausland (johtaja: aluksi SS-Brigadeführer Heinz Jost, myöhemmin SS-Brigadeführer Walther Schellenberg, osasto huolehti tiedustelusta ulkomailla)
- Amt VII Weltanschauung (johtaja: professori Standartenführer Franz Six, huolehti ideologisista tehtävistä, kuten antisemitistisestä ja vapaamuuraristastaen vastaisesta propaganda)