Sega Mega Drive II julkaistiin vuonna 1993. Laitteen ulkoasu muuttui dramaattisesti, sen koko ja hinta pienenivät, kun laitteesta karsittiin turhia toimintoja (esimerkiksi sisäänrakennettu kuulokeliitäntä). Konsolia varten valmistettiin myös uusi versio Segan Mega CD:stä, Sega Mega-CD 2. Laitteiden ainoana erona oli vain muotoilu, joka nyt jäljitteli uuden konsoliversion muotoja.
Megadrive käyttää atari-mallisia peliohjainportteja, joten siihen voi kiinnittää monissa vanhoissa tietokoneissa käytetyn joystickin. Sonic 1 on kuitenkin ainoa peli, jota voi mielekkäästi pelata yhdellä napilla.
