Sisäsiitoksen haitalliset vaikutukset johtuvat sukulaispariutumisten aiheuttamasta homotsygotian kasvusta. Todennäköisyys sille, että yksilöllä on kaksi samanlaista alleelia eli geenimuotoa yhdessä lokuksessa, kasvaa. Homotsygotia ei itsessään ole vaarallista, mutta sen seurauksena esimerkiksi erilaiset resessiivisetstasta eli väistyvät sairaudet pääsevät ilmenemään ja kuolemaan johtavat resessiiviset letaalialleelit voivat homotsygoitua. Sisäsiitos myös vähentää heteroosi koituvia hyötyjä.
Vaikka tietyissä tilanteissa sisäsiittoisuuden kautta tapahtuva letaalialleelien rikastuminen voi johtaa myös geeniperimän puhdistumiseen haitallisista mutaatioista, on sen nettovaikutus yleensä aina negatiivinen. Sisäsiittoisuus on nimittäin luonnossa useimmiten seurausta pienestä efektiivisestä populaatiokoosta, jolloin yksilöille ei jää muuta vaihtoehtoa kuin pariutua lähisukulaistensa kanssa. Tällöin menetetään myös runsain määrin hyödyllistä geneettistä muuntelua. Samalla kelpoisuusarvoltaan heikompien, vaikkei välttämättä letaalien mutaatioiden rikastuminen heikentää yksilöiden kelpoisuutta ja jälkeläistuotantoa. Tämä johtaa luonnossa eristyneissä populaatioissa, joissa sisäsiittoisuus on yleisintä, useimmiten entistä vakavampaan sisäsiittoisuuteen.
Vaikka jalostuksessa yleensä pyritään puhtaisiin linjoihin haluttujen ominaisuuksien homotsygotiaa kasvattamalla ja puhdistamalla kannasta haitalliset alleelit, ovat sisäsiittoisuuden yhteenlasketut haitat luonnossa siis huomattavasti suuremmat. Hyödyllisen geneettisen muuntelun menettämisen haitat ovat pitkällä tähtäimellä suurempia kuin pelkästä letaalialleelien kariutumisesta saatava hyöty, kun populaatio menettää suuren osan potentiaalistaan sopeutua mahdollisiin tuleviin muutoksiin. Yleensä myös niin kutsuttu positiivinen valinta muuttaa populaation HW-tasapainotilaa ja karsii haitallisia alleeleja huomattavasti tehokkaammin kuin sisäsiittoisuus, kun yksittäiset yksilöt pyrkivät maksimoimaan jälkeläistensä kelpoisuuden ja hyödylliset alleelit runsastuvat populaatiossa.
Sisäsiittoisuutta on monessa mittakaavassa. Esimerkiksi joissakin pienissä paikallisissa etnisissä ryhmissä ihmiset lisääntyvät toisten samaan ryhmään kuuluvien kanssa, jolloin geenitarjonta on hyvin rajoittunutta. Periytyvien kansantautien esiintyvyyttä sisäsiittoisuus lisää huomattavissa määrin. Pohjois-Sentineln on esimerkki nykyään esiintyvistä sisäsiittoisista yhteisöistä. Koska insesti aiheuttama sisäsiittoisuus on haitallista myös ihmiselle, evoluutiopsykologia on yrittänyt kartoittaa erilaisia insestinvälttämismekanismeja kuten Westermarck-efektiä.