Tietokoneavusteinen lääkeainesuunnittelu

Tietokoneavusteisella lääkeainesuunnittelulla pyritään löytämään lääkeainekandidaatteja tiettyyn lääkevaikutuskohteeseen, yleensä proteiiniin. Jos kohdeproteiinin (esim. entsyymi tai reseptori) kolmiulotteinen rakenne tunnetaan, sitä voidaan käyttää apuna lääkeainesuunnittelussa. Tunnettujen aktiivisten molekyylien avulla voidaan taas mallintaa ko. molekyylien rakenne-aktiivisuussuhteita ja ennustaa, kuinka aktiivisia uudet suunnitellut molekyylit olisivat.

Kohdeproteiinin tietokonemallia voidaan käyttää uusien aktiivisten molekyylien etsimiseen ja/tai johtomolekyylien ominaisuuksien parantamiseen eli optimointiin. Mallia voidaan käyttää virtuaaliseulontaan, jossa suurista molekyylitietokannoista etsitään uusia johtomolekyylejä. Tietokonemallin avulla voidaan tutkia proteiinien sitoutumispaikan rakennetta ja sitoutuvien molekyylien vuorovaikutuksia ko. proteiinin kanssa ja reseptoriin sitoutuville molekyyleille voidaan tehdä kolmiulotteisten rakenne-aktiivisuussuhteiden malli.