1960-luvulla Ahmavaara oli yliopistollisen vasemmistoradikalismin keskeisiä hahmoja. 1980-luvulta lähtien taas marxismin ja akateemisen vasemmistolaisuuden kriitikko anglosaksisen liberalismin hengessä.
Ahmavaara oli kansalaisia älyllisesti aktivoimaan pyrkineen Yleisradion informatiivisen ohjelmapolitiikan isiä.
Yrjö Ahmavaara on korostanut eksaktien tieteiden edelläkävijäasemaa sekä mitattavuuden ja mittausten tarkkuuden merkitystä myös ihmistieteissä. Älykkyyden ja muiden henkisten ominaisuuksien mittaaminen psykometrisesti on hänen kiinnostuksensa kohde ja tällä saralla hän on tehnyt yhteistyötä Tatu Vanhasen kanssa.