Le canyon sous-marin peut être le prolongement sous-marin d'un fleuve mais il peut également avoir d'autres origines.
Il est le lieu de cheminement priviligé des sédiments arrachés au continent qui sont transportés jusqu'à la plaine abyssale. L'écoulement des sédiments, normalement relativement lent, peut s'accélérer, déclenchant de véritables avalanches qui se propagent sur plusieurs centaines de kilomètres (courants de turbidité). En 1979, un phénomène de ce type dans le canyon du Var a provoqué l'effondrement d'une digue de 300 mètres en construction le long de l'aéroport de Nice et coupé 2 câbles téléphoniques dans la plaine abyssale 100 km plus loin.
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