Il a initié la recherche sur un langage de signes méthodique utilisable par les personnes atteintes de surdité, afin de lier ces signes avec le français écrit, mais son erreur fut de vouloir assimiler la structure syntaxique du français à celle de la gestuelle des sourds, comme l’a très justement souligné Ferdinand Berthier.
Contrairement à ce que certains croient encore, ce n'est pas l'Abbé de l'Épée qui a éduqué des sourds, même avec des gestes. En revanche, c’est le regroupement des élèves sourds dans son institution et le besoin de communiquer entre eux qui favorisa et perfectionna la langue des signes française (LSF), la langue naturelle des sourds. L’échec de l'enseignement du langage de signes méthodiques de l'abbé de l’Épée montre qu’il est vain de vouloir enseigner aux sourds sans tenir compte de leur identité culturelle. Il pratiquait aussi les techniques de démutisation et a adapté à la langue française les techniques mises au point en Espagne par Juan de Pablo Bonet, en Angleterre par John Wallis et aux Pays Bas par Johann Conrad Amman. Il opposa sa méthode à celle deux autres précepteurs de sourds : Jacob Rodrigue Péreire en France et Samuel Heinicke en Allemagne.
Les signes méthodiques ne sont pas non plus proches de ce qu’on peut appeler le français signé, car ils ont été créés artificiellement.
En 1791, deux ans après sa mort, l'Assemblée nationale l'a reconnu en décrétant que son nom serait inscrit comme bienfaiteur de l'humanité et que les sourds bénéficieraient des Droits de l'homme.
Sa tombe se trouve dans l’église Saint-Roch à Paris.
L’institut qu’il avait créé existe toujours aujourd'hui, mais il s’est transformé. Il assure un enseignement en LSF. Il s'agit d’un des quatre Instituts nationaux pour jeunes sourds, situé rue Saint-Jacques à Paris, les autres étant à Metz, Chambéry et Bordeaux.
