L'un des fils de Huayna Capac et d'une princesse du Cuzco, il est désigné par la noblesse du Cuzco comme successeur légitime à la mort de son père, en 1525.
Cette décision est contestée par la noblesse de Quito, qui lui préfère son demi-frère Atahualpa . Il s'ensuit un partage du Tahuantinsuyu entre les deux clans. Au statu quo succède une guerre civile qui finit avec la prise du Cuzco par les quiténiens. Huascar est capturé et jeté en prison, son clan étant littéralement massacré et poursuivi.
En 1532, alors qu'Atahualpa est séquestré par les Espagnols, il commande l'assassinat de son demi-frère pour s'assurer de sa victoire. Cet acte participera à renforcer les dissensions et la rancœur entre quiténiens et cuzquéniens facilitant ainsi l'enracinement du pouvoir espagnol dans un pays divisé.
