Le pape Vigile refusa obstinément de s'associer à cette condamnation, qui lui paraissait porter atteinte aux décisions du concile de Chalcédoine. Les participants au concile étaient en majorité orientaux. Malgré le refus du pape de participer au concile, celui-ci condamna les Trois chapitres.
Après de nombreuses péripéties, le pape Vigile finit par reconnaître ses décisions. Son successeur Pélage I fit de même. Le résultat recherché ne fut cependant pas atteint : les monophysites finirent par constituer des Églises séparées.