Musulman à partir du règne d’Oumé (vers 1085), il atteignit son apogée avec Dounama Dibalami (1220/59), qui l’étendit vers le Fezzan et le Nil et lia des relations avec les royaumes berbères, en particulier avec les Almohades.
Après la mort de Dounama le royaume se morcela rapidement. Au , il fut menacé par les Saos et les Boulala venus de l'est. Pour échapper à ces attaques extérieures, les souverains du Kanem durent se réfugier sur la rive ouest du lac Tchad où ils fondèrent le royaume de Bornou en 1395.
Le Bornou reconquit le Kanem et devint le Kanem-Bornou au . L'empire atteint son apogée sous le règne d'Idriss III Alaoma (1580-1603).
A la fin du , le Bornou a retrouvé une puissance certaine et étend son influence jusque sur les peuplades de la Bénoué moyenne. Sa prospérité est essentiellement basée sur le trafic des esclaves.
À la fin du , la région est ravagée par le négrier soudanais Rabah qui s'impose comme le dernier sultan du royaume ; puis ce dernier est écrasé par les armées françaises en 1900.