Universitetet opphørte å eksistere etter 1945, da Stalin okkuperte Østpreussen. Et russisk universitet ble grunnlagt samme sted i 1967. I 2005 ble dette universitetet omdøpt til Immanuel-Kant-universitetet, til ære for Königsbergs store sønn.
Historie
Albertina-universitet ble grunnlagt som en luthersk motpart til det katolske universitetet i Kraków av Albrecht av Brandenburg, den første hertug av det protestantiske Preussen. Det var det nest eldste universitetet i Brandenburg-Preussen, og bestod av fem fakulteter: teologi, medisin, filosofi og jus. Den første rektoren var poeten Georg Sabinus, svigersønn av reformasjonsteologen Philipp Melanchthon. Senere rektorer inkluderte en rekke preussiske kongelige.

Immanuel Kant virket hele sitt liv ved Albertina-universitetet
I det 20. århundre var universitetet mest kjent for sin skole av matematikere, bestående bl.a. av Einsteinss lærer Hermann Minkowski og David Hilbert, en av de største av moderne matematikere. Universitetet feiret sitt 400 års jubileum i 1944.
Det følgende året ble Königsberg inntatt og ødelagt av den røde hær og hele befolkningen enten drept eller fordrevet. 80 % av universitetets campus ble ødelagt. Albertina ble stengt, og isteden ble det åpnet et russisk lærerinstitutt. I 1967 ble det grunnlagt et statsuniversitet. I 2005 ble det i en felles kunngjøring fra Vladimir Putin og Gerhard Schröder gjort kjent at dette universitetet heretter skulle bære navnet Immanuel-Kant-universitetet. Universitetet har etter Sovjetunionens sammenbrudd begynt å se på seg selv som etterfølger etter Königsbergs gamle tyske universitet, og bruker navnet Albertina i sin internettadresse.
Kjente alumni fra Albertina
- Immanuel Kant
- Johann Gottfried Herder
- David Hilbert
- E.T.A. Hoffmann
- Christian Goldbach
- Gustav Kirchhoff
- Karl Rudolf König
- Gotthilf Heinrich Ludwig Hagen
- Ewald Christian von Kleist
- Friedrich Ludwig Zacharias Werner
- Kristijonas Donelaitis