Todd ble født i Hamilton i Ontario (Canada) i 1939. Han tok B.Sc. i 1961 innen landbruk og M.Sc. i 1963 i parasittologi og tropisk medisin ved [[McGill University i Montreal (Quebec) hvoretter han gjorde doktorarbeider innen fiskeri og oseanografi ved University of Michigan.
Han begynte sin karriere med forskning på atferdsøkologi for fisk som assisterende professor i etologi ved San Diego State University (1968-1970), hvoretter han arbeidet ved Woods Hole Oceanographic Institution i Woods Hole (Massachusetts) som vitenskapelig assistent.
I 1969 Todd og hans kone var med og etablerte New Alchemy Institute for både biologisk grunnforskning og å bruke biologisk vitenskap på teknologi. Todd med kolleger har designet miniatyr økosystemer, nesten selvgående, som bruker økologiske prinsipper for menneskelige formål. Besides designing and prototyping food-producing systems and approaches for communities of people, this work has resulted in innovative new approaches for å behandlekloakk og industrielt avløpsvann. Todd's approach omfatter bruk av mikro-organismer, fisk, og planter (fytoremediering).
]] Todd and colleagues have developed what they call 'living machines.' In principle, a living machine is an ecologically engineered technology developed to restore, conserve, or remediate sewage or other polluted water, by replicating and accelerating the natural purification processes of streamss, pond and marshes. In practical application, a living machine is a self-contained treatment system designed to treat a specific waste stream using the principles of ecological engineering. It does this by using diverse communities of bacteria and other microorganisms, algae, plants, trees, snails, fish and other living creatures.
John Todd utviklet et veksthus avfallsbehandling-fabrikk i Cape Cod som gir rent vann fra kloakk. Bakterier forbruker den organiske kloakken og omdanner ammoniakker til nitrat. Nitratene brukes som mat for alger og gjødsel for andegress. Zooplankton og snegler forbruker algene. Fisk spiser zooplanktonet. Flytende planter suger opp det gjenværende. Bulrushes, cattailss, and hyacinth render the toxins harmless. Trær absorberer tungmetaller. Biproduktene er dekorative planter og minnows, both of which are sold. The minnows are sold as bait fish. Aquatic plants, raised in the system's open-air lagoons for sewer treatment, are used in California, Florida, and Mississippi. Todd's 'living machine' system makes it possible to do all this in the colder northern climates. Byen Harwich, Massachusetts begynte å bruke Todd's system i 1990.
Todd served as the New Alchemy Institute's President until 1981. I 1980 var han kofunder for Ocean Arks International. He also co-founded Living Technologies Inc., en økologisk design, engineering, and construction firma i Burlington, Vermont. Fra 1999 har han vært Research Professor & Distinguished Lecturer ved University of Vermont.
While Todd has pursued much of his work with the developing world in mind, applications for the benefit of industrialized and affluent societies have been part and parcel.