Kykladene består av rundt 220 øyer, de viktigste er Amorgos, Anafi, Ándros, Antiparos, Delos, Ios, Kéa, Kimolos, Kythnos, Mílos, Mykonos, Náxos, Páros, Folegandros, Serifos, Sifnos, Sikinos, Síros, Tínos og Santorini (Thera). De fleste mindre øyene er ubebodde.
Ermoupolis, på Síros, er administrasjonssenter og den viktigste byen i prefekturet.
Øyene er topper på en undersjøisk fjellrekke, med unntak av de to vulkanske øyene Milos og Santorini. Klimaet er vanligvis tørt og mildt, men med unntak av Naxos er ikke jorda særlig fruktbar. Landbruksprodukter inkluderer vin, frukt, hvete, olivenolje og tobakk. Kykladene er det eneste prefekturet i Hellas som ikke er har statlige motorveier. Alle veiene på øyene er sekundære eller provinsielle.