Stedet hadde vært bebodd siden bronsealderen. Byen nevnes først i hettittiskess nedtegnelser som Millawanda. På hettitterkongen Mursili II tid (ca. 1320 f.Kr) ble Millawanda et brohode for mykeniske grekere i Lilleasia.
På 1400-tallet f.Kr. kom nybyggere fra Kreta til Milet. På 500-tallet hadde Milet utviklet seg til et sjøfartsimperium som hadde grunnlagt en rekke kolonier rundt Marmarahavet og Svartehavet. Enkelte av koloniene som er nevnt nedenfor, ble ikke grunnlagt direkte fra Milet, men fra den miletiske kolonien Sinope.
Kolonier ved Hellesponten og rundt Marmarahavet: Abydus, Parium og Kyzikus
Kolonier rundt Svartehavet:
- Ved Svartehavets vestkyst - Apollonia, Odessus, Kallatis, Tomis, Istrus, Tyras, Olbia og Berezan
- På Krim - Teodosia
- Ved Det kimmeriske Bosporos (innløpet til Azovhavet) - Panticapaeum, Kepi, Hermonassa, Portus Sindicus og - lenger øst - Gorpippia (Anapa).
- Ved Svartehavets østkyst - Dioscurias, Fasis
- Ved Svartehavets sørkyst - Trapezus, Kerasus, Kotyora, Amisus og Sinope
Milet var et viktig sentrum for filosofi og vitenskap, med skikkelser som Thales, Anaximander og Anaximenes.
I 334 f.Kr erobret Aleksander den store Milet.
Milet i Bibelen
I Det nye testamente nevnes Milet i Apg 20,15-17 (apostelen Paulus møter de eldste fra menigheten i Efesos der) og i 2 Tim 4,20 (som stedet der Paulus lot Trofimus, som var blitt syk, bli igjen).
