Fjorden var lenge den viktigste ferdselsåren i regionen, noe som gjenspeilet seg i den tidligere kommuneinndelingen. Deler av nåværende Agdenes kommune var lenge knyttet til hver sin av i alt tre kommuner på nordsiden av fjorden: Den opprinnelige Agdenes med Ørland; Lensvik med Rissa; og Ingdalen med Stadsbygd.

Fjordbåt stevner ut Trondheim havn av Nils Hansteen 1893
- med ferje Brekstad-Valset (riksvei 710) ytterst i fjorden
- med ferje Flakk-Rørvik (riksvei 715) ved Trondheim
- over Skarnsundbrua mellom Inderøy og Mosvik (riksvei 755)
Hurtigbåtforbindelser i fjorden:
- Trondheim-Vanvikan
- Kystekspressen Trondheim-Brekstad, med stopp på Kvithyll i Rissa, Lensvik i Agdenes og videre til Hitra og Kristiansund.
Side- og delfjorder
Rekkefølgen er fra kysten og innover.- Innløp
- Trondheimsleia
- Kråkvågfjorden
- Ytre Trondheimsfjord
- Stjørnfjorden
- Nordfjorden
- Sørfjorden
- Korsfjorden
- Stjørnfjorden
- Flakkfjorden
- Strindfjorden
- Nordviksundet
- Borgenfjorden
- Skarnsundet
- Beitstadfjorden
- Verrasundet
- Verrabotn
- Steinkjerfjorden
- Beitstadsundet
- Hjellebotn
- Hjellebotn
- Verrasundet
