Det ble grunnlagt i 1365 av Rudolf IV, og ble kalt Alma Mater Rudolphina. Det er etter universitetet i Prag (nå Praha) det eldste universitetet i det tyskspråklige området. Den nåværende hovedbygningen ble oppført mellom 1877 og 1884 av Heinrich von Ferstel ved Wiener Ringstraße; tidligere lå hovedbygningen ved Ignaz-Seipel-Platz, hvor også den gamle universitetskirken og det østerrikske videnskapsakademiet lå.
Siden 1897 ble også kvinner tillatt å følge forelesninger. For tiden har universitetet rundt 63 000 studerende, i mer enn 135 studieretninger. Rektoren er Georg Winckler.
Nobelprisvinnere som har undervist ved universitetet:
- Robert Bárány
- Julius Wagner-Jauregg
- Hans Fischer
- Karl Landsteiner
- Erwin Schrödinger
- Victor Franz Hess
- Otto Loewi
- Konrad Lorenz
- Friedrich August von Hayek
- Theodor Billroth
- Viktor Frankl
- Johann Palisa
- Karl Freiherr von Rokitansky
- August Schleicher
- Joseph Skoda
- Bruno Bettelheim
- Paul Feyerabend
- O. W. Fischer
- Iwan Franko
- Karl Kautsky
- Karl Kraus
- Jörg Haider
- Lise Meitner
- Alois Mock
- Pius III
- Peter Porsch
- Manfred Rumpl
- Adalbert Stifter
- Kurt Waldheim
Eksterne lenker
