Ända fram till 1800-talet var Dusjanbe en relativt liten by. En på måndagar återkommande marknad gav orten dess namn; 'måndag'. Staden växte fram först under 1900-talet sedan Dusjanbe och det som idag är Tadzjikistan blivit en del av Sovjetunionen. Dusjanbe tjänade som huvudort för de tadzjiker, s.k Basmachi-rebeller, under ledning av Ibrahim Bek som kämpade mot bolsjevikerna. Från 1929, då den blev huvudstad i Tadzjikiska SSR, till 1961 kallades den Stalinabad, efter Josef Stalin. Kort efter det att staden 1991 blivit det självständiga Tadzjikistans huvudstad skadades den svårt under det tadzjikiska inbördeskriget (1992-1997).
