Vid faderns död 1506 blev hon omhändertagen av sin faster, Margareta, regentinna i Nederländerna.
Elisabet och hennes syskon betraktades som sin tids 'ädlaste barn' och hennes bröder, Karl V, tysk-romersk kejsare och Ferdinand I, tysk-romersk kejsares kom båda att bli Europa mäktigaste män. På den europeiska äktenskapsmarknaden stod Elisabet högt i kurs. Den danske konungen Kristian II sökte efter sin tronbestigning sig en hustru som kunde ge handelsmässiga förbindelser, och hans val föll på Elisabet. Hon tog med stor resignation emot beskedet att hon skulle gifta sig med den tjugo år äldre danske kungen, men eftersom hon var så ung, hade hon inget annat val än att rätta sig efter sin förmyndare.
I juni 1515en seglade den danske ärkebiskop tillsammans med ett antal adelsmän till Nederländerna för att följa den unga Elisabet till Danmark. Under resan blev det svår storm och Elisabet blev mycket sjösjuk - hon ville iland när fartyget passerade Jylland, men detta förhindrades. Den 4 augusti 1515 landsteg hon i Helsingör, där hon fick vila upp sig några dagar efter den skräckfyllda sjöresan. Söndagen den 12 augusti 1515 gifte sig den 14-åriga prinsessan Elisabet med den 34-årige kung Kristian.
Elisabet kom snabbt att vinna det danska folkets hjärta, och Kristian II rådfrågade ofta sin hustru, eftersom hon - trots sin unga ålder - var mycket politiskt medveten. Sin makes förhållande till älskarinnan Dyveke bar hon med tålamod, men år 1517 avled Dyveke plötsligt i Helsingör - det ryktades att hon hade ätit förgiftade körsbär.
I äktenskapet föddes fem barn:
- Hans, dansk prins (1518 - 1532)
- Maximilian och Filip (1519; tvillingar; döda i späd ålder)
- Dorotea av Oldenburg (1520 - 1580)
- Kristina av Oldenburg (1521 - 1590)
I slutet av 1524 flyttade familjen till Lier i Belgien. Där upplevde de en svår tid, fylld med bekymmer och brist på pengar. På grund av den fattiga tillvaron, blev Elisabet, som alltid varit klen, sjuk. I slutet på 1525 reste hon med sin make till klostret Zwynarde utanför Gent.
Elisabet avled 19 januari 1526, endast 24 år gammal, och begrovs i S:t Peterskyrkan i Gent. I oktober 1883 blev hennes stoft flyttat till i Odense, Danmark.
