I uppgifterna ingår stöd till forskning och utveckling, teknikupphandling samt investeringar för produktion av förnybar energis och för effektivare energianvändning. Myndigheten ansvarar för energiförsörjningen inom totalförsvaret civila del, utövar tillsyn över nätföretagen enligt ellagen samt handhar stora delar av systemet med elcertifikat. Sedan år 2005 finns även Energimarknadsinspektionen som en självständig del av Energimyndigheten. Energimarknadsinspektionen handhar frågor enligt ellagen, innefattande reglering av så kallade naturliga elnätmonopol, koncessionsgivning för elnät samt expertmyndighet för elmarknadsfrågor. Från och med 1 januari 2008 kommer Energimarknadsinspektionen att utgöra en egen myndighet.
Energimyndigheten har år 2006 ca 250 anställda (varav ca 70 inom Energimarknadsinspektionen).
