Myndigheten bildades 1945 genom sammanslagning av de tre tidigare myndigheterna Försvarsväsendets kemiska anstalt (FKA), Militärfysiska institutet (MFI), samt Statens uppfinnarnämnd (SUN).
Tillsammans med Flygtekniska försöksanstalten (FFA) bildades 2001-01-01 den nya myndigheten Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI).