Galärkyrkogården omfattar 11 773 m2 och omges av en vacker kyrkogårdsmur. Första gravsättningen ägde rum 1742. Ursprungligen var kyrkogården endast avsedd för flottans personal. Först från 1836 har fullständiga gravliggare uppgjorts. Enligt dessa är 3200 personer begravda här. Då kyrkogården är nära 100 år äldre och även massbegravning förekommit, kan enligt amiralitetspastor Gustaf Brandt, omkring 5000 människor begravts här fram till 1969. Bland senare begravda personer finns bland andra Alice Lyttkens, Anders Franzén, Stikkan Andersson, Mimi Pollak, Bruno Wintzell, Tor Bonnier, Ingrid Thulin och Vilgot Sjöman.
Gravliggarna upptar till exempel båtsmän, timmermänerer, gesäll, pistolsmeder, blockmakare, hornblåsare, skeppare, handelsmänerer, traktör, menige, alla grader av befäler, bl.a. ett trettiotal amiral, några generaler och några statsrådar, landshövding och präster.
En minneslund har anlagts vid Galärvarvskyrkogården, i första hand för församlingsbor i Hedvig Eleonora församling och Oscars församling. Minneslunden invigdes 1995 av Biskop Krister Stendahl.
Kyrkogården utvidgades 1931 och en gång till 1962, då man även uppförde gravkoret.
1965 jordfästes tio män och två kvinnor som hittats på det bärgade vraket av skeppet Vasa.
Den 28 september 1997 invigdes ett nationellt minnesmärke efter Estoniakatastrofen, den 28 september 1994, då 852 personer miste livet.
