Habermas studerade på universiteten i Göttingen (1949-1950), Zürich (1950-1951) och Bonn (1951-54) och doktorerade 1954 i Bonn med avhandlingen Das Absolute und die Geschichte. Von der Zwiespältigkeit in Schellings Denken ('Det absoluta och historien. om ambivalensen i Schellings tänkande'). Han habiliterade sig 1961 i Marburg med det numera klassiska verket Strukturwandel der Öffentlichkeit. Untersuchungen zu einer Kategorie der bürgerlichen Gesellschaft ('Borgerlig offentlighet. Kategorierna 'privat' och 'offentligt' i det moderna samhället'). Därefter tillträdde han en professorstjänst i filosofi vid universitetet i Heidelberg där han var verksam till och med 1964.
Han är också en av de främsta idégivarna till den deliberativa demokrati-diskursen.Han är i likhet med sina kolleger Ulrich Beck och Claus Offe anhängare av tanken på en Medborgarlön .
2001 gick han Friedenspreis des Deutschen Buchhandels.