Polarforskningssekretariatets uppgift är att främja och samordna svensk polarforskning. Det innebär bland annat att följa och planera forskning och utvecklingsarbete samt organisera och genomföra expeditioner i Arktis och Antarktis.
Polarforskningssekretariatet är förvaltningsmyndighet för lagen (2006:924) om Antarktis och prövar frågor om tillstånd för vistelse eller verksamhet i enlighet med lagen.
Polarforskningssekretariatet är beläget utanför Stockholm, nära Stockholms universitet. Kontoret ligger i samma hus som Kungliga Vetenskapsakademien och logistikcentret ligger i Kräftriket. Sekretariatet förvaltar Sveriges två forskningsstationer på Antarktis, Wasa och Svea.
Sjöfartsverkets Oden (isbrytare) chartras ofta av Polarforskningssekretariatet för forskningsexpeditioner.
