Då de av honom förföljde origenistiska munkarna i nitriska öknen fann skydd hos Chrysostomos i Konstantinopel, fick Theofilos en kärkommen anledning att med rättrogenheten som medel söka nedslå Konstantinopelpatriarkens ledarställning i Orienten till förmån för Alexandrias patriarker. Med hänsynslösa medel uppnådde han också Chrysostomos avsättning (404). Hans fanatism mot hedendomen ledde till förstöringen av templet Serapeion i Alexandria med dess ovärderliga bibliotek.