Historiskt sett har Utbildningsdepartementet sina rötter i kyrkans verksamhetsområde, vilket inbegrep utbildning, forskning och kulturella frågor. Med sekulariseringen minskade de rent kyrkliga frågorna i betydelse, medan frågor om undervisning ökade. Sedan årskiftet den 1 januari 2007 hanterar Utbildningsdepartementet frågor som rör förskola, skola, vuxenutbildning, studiestödsverksamhet, högskoleutbildning samt samordnar frågor som rör forskning. Vidare ligger det av regeringen instiftade globaliseringsrådet under departementet. Departementet förvaltar bland annat Statens skolverk, Myndigheten för skolutveckling, Högskoleverket och flera vetenskapliga råd.
Beslut som fattas i detta departement gäller till exempel tillsättning av rektorer för universiteten, generaldirektörer och högsta chefer för verk inom departementets förvaltningsområde och anslag till verken. Vid departementet finns även Svenska Unescorådet.
På utbildningsdepartementet finns två statsråd, utbildningsminister Jan Björklund och högskole- och forskningsminister Lars Leijonborg, samt statssekreterarna Peter Honeth och Bertil Östberg.
